Ökologie
Seit Anfang der 1990er Jahre haben sich dank der nunmehr guten Wasserqualität und der bereits umgesetzten Maßnahmen zur Verbesserung der Durchgängigkeit und zur Erhöhung der Strukturvielfalt die Lebensgemeinschaften des Rheinhauptstroms recht weitgehend regeneriert. Rheinauen werden wieder überschwemmt, Altarme haben wieder Verbindung zum Fluss und auf kleinen Strecken sind Uferstrukturen ökologisch verbessert. Die Zahl der Tier- und Pflanzenarten hat zugenommen, und viele der ursprünglichen Rheinarten sind wieder zurückgekehrt.
Im Jahr 2006 hat die IKSR ihren „Atlas Biotopverbund am Rhein“ veröffentlicht. Anhand definierter Biotoptypengruppen wurden darin der Ist-Zustand und der Entwicklungsbedarf für die Auenökosysteme in einem Kartenwerk mit Begleittext vorgestellt. Ziel des Biotopverbundes ist die Erhaltung, Entwicklung oder Wiederherstellung eines funktional zusammenhängenden „Netzes“ auentypischer Lebensräume entlang des Rheins. Handlungsoptionen sollen zeigen, wie der zunehmenden räumlichen Verinselung wertvoller Auenökosysteme entgegengewirkt werden kann. 2020 wurde der Biotopatlas überarbeitet. Erstmals wurde nun der Istzustand des Biotopverbundes entlang des Rheins vorwiegend mit Hilfe digitaler Fernerkundung flächendeckend erfasst. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen sind im IKSR-Fachbericht Nr. 284 zusammengefasst.
Maßnahmen zur Reduktion des Phosphorgehaltes haben dazu geführt, dass sich die Spitzen bei der Phytoplankton-Entwicklung deutlich abgeschwächt haben und der Rhein heute klarer ist als früher. Durch das verbesserte „Lichtklima“ konnten sich abschnittsweise wieder fluss- und auetypische Wasserpflanzengesellschaften in den Altarmen und in geschützten Buhnenfeldern des Rheins etablieren. Ihre Bestände bilden wieder wichtige Lebensraumstrukturen für bestimmte Fischarten.
Parallel zu diesen positiven Trends erfolgt mit der anhaltenden Einwanderung gebietsfremder Arten (Neobiota) über die Schifffahrtskanäle ein ständiger Umbau der Lebensgemeinschaften, der vor allem die Wirbellosen, seit 2006 aber auch die Fische erfasst hat. In den Blocksteinschüttungen der Ufer hat sich die gebietsfremde Schwarzmundgrundel zur dominanten Fischart entwickelt. Haupteinwanderungskorridor ist der Main-Donau-Kanal, über den neben verschiedenen Kleinkrebsen und Weichtieren auch die ersten Grundelarten aus der Donau eingewandert sind. Die heutige Rheinfauna ist daher im ständigen Wandel, was sich in den starken Populationsschwankungen miteinander konkurrierender oder in Räuber-Beute-Beziehungen stehender Arten widerspiegelt. Auch unter den Wasserpflanzen und Algen gibt es Neophyten im Rheinsystem. Aber nur wenige im Rhein vorkommende Arten gelten als ausbreitungsstark, wie z. B. die Schmalblättrige Wasserpest Elodea nuttallii.
Einige Neobiota bereiten wirtschaftliche Probleme, namentlich die Zebra- und die Quaggamuschel (Dreissena spec.) die Schiffshüllen und Kühl- und Abwasserrohre in Industrieanlagen und Kraftwerken besiedeln.